freeコマンドで見れるもの

freeコマンドの1行目最終列にあるcachedはページキャッシュを表す。

linuxはファイルをページキャッシュに書き込んだ時点で書き込んだよとプロセスに伝える。実際はその後に非同期でそのページキャッシュの内容をブロックデバイスに書き込む。このページキャッシュがあるとわざわざHDDまでファイルを見に行かずに早く済む（mysqlのレコード全てをキャッシュに載せたりするのはこのページキャッシュのこと言ってるんだと思う）。

なのでfreeコマンドの1行目2列目のusedはそのページキャッシュ込みの使用量のこと。ここからページキャッシュを引いたが2行目2列目のusedの値となる。 /proc/sys/vm/drop_cacheに3を書き込むと手動でページキャッシュを全部すてられる。